En helautomatisk sentrifuge består hovedsakelig av en roterende trommel, et drivsystem, et kontrollsystem og et foringsrør. Den roterende trommelen er kjernekomponenten, vanligvis laget av rustfritt stål eller andre korrosjonsbestandige- materialer, og brukes til å laste prøvene som skal separeres. Drivsystemet gir kraft, noe som får trommelen til å rotere med høy hastighet, og genererer sentrifugalkraft. Kontrollsystemet er ansvarlig for å justere parametere som rotasjonshastighet, tid og temperatur for å sikre en stabil og pålitelig separasjonsprosess.
Under drift plasseres prøven i den roterende trommelen. Etter at maskinen har startet, roterer trommelen med høy hastighet. Sentrifugalkraft får tettere komponenter til å bevege seg utover og avsettes i bunnen eller sideveggene av trommelen, mens lettere komponenter beveger seg nærmere midten. Etter separering stopper maskinen automatisk, og operatøren kan fjerne de separerte prøvene.